Pada sekitar tahun 1990 atas prakarsa Bapak Ir. Rubijanto A. Hamidjoyo, diadakan beberapa pertemuan di Jakarta dengan pembicara Dr. Victor Wee dan isterinya Viviene, dari Marian Centre di Singapura. Bapak Rubiyanto merasa amat terkesan ketika beliau berada di Brunei Darussalam, mendengar ceramah mereka mengenai Maria, Maria Ratu Perdamaian dari Medjugorje, tentang pesan-pesan penampakan Maria di Medjugorje, dan tentang pentingnya perjuangan untuk Pro Life sekaligus anti-abortus. Dalam kegiatan pertemuan-pertemuan itu dilibatkan pula Dr. Murcuanto Diwanto, Ibu Sioe Hadinata, Ibu Naniek Hadiwibowo, Bapak Edie Wangsa dan Bapak Lukman Setiadhi serta Ibu Ira Lukman.

Setelah cetusan ide pertama ini, timbullah cita-cita Pak Rubijanto dan kelompok ini untuk mendirikan suatu wadah atau lembaga khusus untuk mempersatukan para pencinta (devosan) Maria dengan berbagai kerasulan dan pelayanan khusus yang bisa dikembangkan bagi kepentingan umat Katolik. Cita-cita ini sangat didukung oleh Mgr. V. Kartosiswoyo, Pr. Maka beberapa orang sebagai delegasi dari kelompok ini datang menghadap almarhum Mgr. Leo Soekoto, SJ untuk membicarakan maksud dan keinginan mendirikan lembaga Marian Centre Indonesia di Jakarta, dengan karya kerasulan dan pelayanan seperti yang dilakukan oleh Dr. Wee dan teman-temannya di Keuskupan Singapura. Mgr. Leo Soekoto, SJ sangat mendukung gagasan ini dan berpesan agar Marian Centre Indonesia tidak hanya menjadi pusat informasi tentang Maria, dan menjadi satu wadah kerja sama untuk mereka yang berdevosi kepada Maria melalui berbagai bentuk dan jenis kerasulannya, tetapi juga terbuka untuk berbagai bentuk karya sosial gereja lainnya. Untuk itu diharapkan agar Marian Centre Indonesia dapat bekerja sama dan melibatkan kelompok atau organisasi rohani Maria lainnya seperti Gerakan Imam Maria, Legio Maria, Kerasulan Maria Fatima dan lain-lain.

Sebagai lanjutan dari pertemuan di atas, dibuatlah suatu Akte Yayasan Marian Centre Indonesia dengan Mgr. V. Kartosiswoyo, Pr. sebagai moderator, dengan rencana kegiatan awalnya ialah mulai menerbitkan bulletin atau majalah MCI secara berkala. Namun berhubung satu dan lain hal, selama beberapa tahun permulaan hanya dua kali bulletin diterbitkan. Ada usaha untuk menyediakan satu tempat di Kebayoran Baru yang dimaksudkan untuk kegiatan Marian Centre Indonesia dimana Pastor H. Pennock, OFMCap. yang saat itu menjadi imam di Paroki St. Fransiskus Asisi – Tebet tinggal di sana.

Pada tahun 1995 dengan kedatangan P. Jozo Slavko, OFM dari Medjugorje, diterbitkan majalah perdana AVE MARIA yang waktu itu masih bernama majalah Marian Centre Indonesia. Majalah ini dibagikan pada acara khusus Maria di Gereja St. Paskalis – Cempaka Putih dengan peserta sekitar 6000 orang yang dengan penuh antusias mengikuti misa dan ceramah serta acara penyembuhan yang berlangsung selama kurang lebih empat jam. Pada kesempatan itu panitia membagikan setangkai bunga mawar, gambar Ratu Perdamaian, disamping majalah perdana tersebut.

Dalam salah satu kesempatan mengunjungi kantor Marian Centre Indonesia, Romo Soenar (Vikjen KAJ) selain memberikan dan menyatakan dukungannya beliau juga memberi pesan agar Marian Centre Indonesia dan majalahnya, AVE MARIA, dalam mewujudkan misi dan kerasulannya kiranya tetap memperhatikan pula sifat dan tuntutan dasar pastoral hidup menggereja di KAJ, yaitu mandiri-misioner dan mempunyai daya pikat dan daya tahan. Selain itu MCI perlu menjalin kerja sama dengan lembaga gerejawi lainnya, selain melakukan karya-karya sosial. Prinsip kehati-hatian dalam penterjemahan naskah dan pemuatan artikel untuk majalah AVE MARIA perlu selalu pula diperhatikan.

Dalam penerbitan kedua, Januari 1996, majalah Marian Centre Indonesia sudah memiliki nama baru, yaitu AVE MARIA. Awalnya majalah ini terbit empat kali dalam setahun, lalu ditingkatkan menjadi majalah dwi bulanan atau terbit enam kali setahun sejak tahun 1997, ditambah satu penerbitan khusus bulan Oktober, yaitu bulan Maria, sampai dengan sekarang yakni terbit sebanyak tujuh kali setahun.

Mulanya menempati rumah di JI. KS. Tubun IIC/2, Jakarta Barat, mulailah banyak orang berkunjung untuk lebih mengenal Marian Centre Indonesia. Mengingat semakin berkembangnya kegiatan MCI maka kantor MCI pindah ke JI. Karmel II Blok D No. 1, Kebon Jeruk, Jakarta Barat, dimana kantor dilengkapi dengan ruang doa, Kapel kecil untuk Misa Kudus dan berbagai kegiatan pelayanan doa, toko buku dan benda-benda rohani, ruang perpustakaan. Dalam perkembangan kegiatan kerasulannya, pada tahun 1998, MCI mengadakan seminar “Maria Bunda Segala Bangsa” bersama kelompok doa Kemanggisan, Pastor Paul Maria Sigl dari Kongregrasi Family Co-Redemptrix menjadi pembicara tamu di Gereja Maria Bunda Karmel – Kemanggisan. Pada tahun 2000 diadakan seminar bertema Maria kerja sama MCI dengan Gereja Orthodox Yunani dan sebagai pembicara tamu diundang Romo Daniel dari Gereja Orthodox, disamping Romo Petrus Maria Mitro Dharmo, OMI dari Bontang-Kaltim. MCI pun mencoba menyelenggarakan ziarah dengan berbagai kelompok peserta ziarah dalam negeri, khususnya tempat ziarah di Jawa.

Pada Agustus 2000 MCI mendapat perbantuan seorang tenaga imam, yaitu Romo Yosef Tarong, Pr. dari Keuskupan Ruteng, untuk bekerja dan bertugas sebagai moderator pengurus harian MCI. Dengan itu berbagai bentuk dan jenis pelayanan dan kerasulan khas yang dilaksanakan oleh seorang imam dapat mulai dilaksanakan di MCI. Karena Romo Yosef Tarong, Pr. dipanggil Bapa pada tahun 2012-2015. Dan sejak Juni 2022, Rm. Robertus Robi Setiawan,, O.Carm bertugas sebagai Moderator Marian Centre Indonesia.